Nach Krönung Gustav I. Wasa und der Beendigung der Kalmarer Union regierte Friedrich I. ab 1523 Dänemark und ab 1524 Norwegen.
Christian III. folgte ihm als König von Dänemark und Norwegen bis zu seinem Tod 1559, unter dem Anhänger Luthers setzte die Reformation ein. Während der Regentschaft von Friedrich II. zwischen 1559 bis 1588 kam es zum Dreikronenkrieg, auch bekannt als Nordischer Siebenjähriger Krieg, in dem sich Schweden und Dänemark, gegenüberstanden und der mit dem Frieden von Stettin 1570 endete, womit sich beide Staaten als unabhängige Gebiete anerkannten (formale Anerkennung der Beendigung der Kalmarer Union).
Christian IV. war König von Dänemark und Norwegen zwischen 1588 bis 1648, seine Herrscherzeit war geprägt von reger Bautätigkeit, den Kampf um Großmachtstellung, Reformen, dem Kalmarkrieg (1611 bis 1613), dem Dreißigjährigen Krieg von 1618 bis 1648, dem Torstensson-Krieg (1643 und 1645) sowie der wachsenden Vormachtstellung Schwedens.
Unter Friedrich III., von 1648 bis 1670 König von Dänemark und Norwegen, wurde 1658 der Frieden von Roskilde und 1660 der Frieden von Kopenhagen geschlossen, wodurch Schweden unter anderem Schonen und Halland erlangte, Trondheim und Bornholm gerieten im Zuge des Friedens von Kopenhagen wieder an Dänemark. Durch die Unterzeichnung des Königlichen Gesetzes 1665 wurden Reichsrat und Reichstag abgeschafft und der Absolutismus endgültig verankert. Der Große Nordische Krieg zwischen 1700 bis 1721 fiel in die Regentschaft von Friedrich IV. und brachte eine Verschiebung des Mächteverhältnisses in Europa, während Schweden seinen Status als nordische Großmacht einbüßte, begann der Aufstieg Russlands. Für Dänemark begann eine Zeit des Friedens und des Wohlstandes. Im Zuge der Koalitionskriege beziehungsweise Napoleonischen Kriege sowie dem Wiener Kongress (1814/1815) und dem Frieden von Kiel am 14. Januar 1814, geschlossen zwischen Schweden, Großbritannien und Dänemark – welches zuvor neutral war (trotzdem Einnahme Kopenhagens durch die Briten 1807), später Frankreich unterstützt hatte und nun den Vertrag von Kiel unter militärischem Druck von Schweden und Großbritannien ratifizieren musste – endet die Dänisch-Norwegische Personalunion und Norwegen fällt an Schweden. Die norwegischen Besitzungen Färöer, Grönland und Island verblieben bei Dänemark, das zu jener Zeit von Friedrich VI. regiert wurde. Schwedisch-Pommern, was Dänemark ebenfalls zugesprochen wurde, tauschte das Königreich gegen das Herzogtum Lauenburg. Ferner erhielt Dänemark Bornholm von Großbritannien zurück.
